9月中旬，中共中央政治局候补委员、华中局书记、新四军政治委员刘少奇途经红庙村，对冀鲁豫边区工作作出指示。
他要求边区各级领导必须牢固树立群众观点，指出，没有群众就没有根据地，群众工作必须依靠基本群众，要巩固抗日根据地，就必须放手发动群众，开展减租减息运动。
10月20日，北方局作出《对冀鲁豫区党委、军区工作指示》。
12月，冀鲁豫边区召开高级干部会议，新任冀鲁豫区党委书记黄敬作报告。
黄敬根据北方局、刘少奇指示和深入调查研究的情况，充分肯定了过去艰苦斗争取得的主要成绩，从军事、政治和经济上辩证分析了区情，尖锐指出了边区根据地建设中存在的突出问题，要求坚决执行北方局指示，抓紧目前短促时机，进行巩固根据地的工作。
同时开展敌占区与接敌区工作，坚持长期战争方针和抗日民族统一战线坚定立场，拆散伪、顽、会、匪与敌人的联合，坚持边区斗争，保存与积蓄力量。
同时指出，巩固根据地的中心环节应转为发动群众，要采取一切有效办法加强地方武装，要健全加强军区、军分区工作。
会议对建设小部队进行了深入研究。在统一思想的基础上，会议作出了第三次精兵简政决定：
一是实行边区党的统一领导，撤销各部队中的军政委员会，由区党委、地委、县委书记兼任同级部队政治委员。
二是调整区党委、军区、行署领导班子。建立区党委常委会，黄敬任区党委书记兼宣传部部长，张霖之任副书记兼组织部部长。杨得志任军区司令员，黄敬兼任政治委员，杨勇任副司令员，苏振华任副政治委员，华卓然任参谋长。晁哲甫任行署主任，贾心斋、徐达本任副主任。
三是调整区党委所属地委，加强地委一级领导，全区整合为六个地委。
四是实行正规军地方化，取消旅的番号，统一军区建制，对各军分区进行调整。
五是彻底精兵简政，节约财政支出。
这次会议实现了边区党的指导思想的重大转变。
会后，在区党委一元化领导下，边区党政军民迅速行动，认真贯彻执行高干会议决定，使斗争形势逐步好转。
1943年，日、伪军对冀鲁豫边区抗日根据地进一步加紧“蚕食”、封锁。
在正确方针指导下，冀鲁豫军区派遣142支小部队深入敌占区和接敌区，广泛开展反“蚕食”斗争，恢复与建立游击根据地。
加强民兵建设，广泛开展群众性游击战；大力开展日、伪军工作，建立地下交通线。
7月5日，冀鲁豫军区发起朝南战役，7月30日进行卫南战役，粉碎了文大可、杜淑等大股伪军的“蚕食”进攻，解除了其对濮范观中心区的直接威胁。
7月上旬起，配合山东八路军反击国民党顽军李仙洲部入鲁取得重大胜利。
9月，日军开始实施其“武号作战”计划。在实施“武号作战”之前，在绝密状态下，日军惨无人道地在以馆陶、临清为中心的卫河两岸地区，首先实施了代号为“方面军第12军十八秋鲁西作战”的细菌战，使冀鲁豫边区和冀南抗日根据地军民造成重大伤亡和损失。
从9月21日起，日军以11000余人先后“扫荡”湖西、鲁西南抗日根据地。
10月12日，日、伪军对濮范观中心区发动空前规模的大“扫荡”，冀鲁豫边区军民积极灵活地予以反击。
同日、伪军进行大小战斗315次，攻克据点74个，攻入东平、延津2个县城，袭击了东明、考城、濮阳、平阴4个县城，毙伤日、伪军1327名，俘日、伪军2746名，取得空前战果。
11月16日，冀鲁豫军区采用第三军分区兼回民支队司令员、“后起的天才军事家”马本斋的建议，以“牛刀子钻心战术”，集中优势兵力奇袭八公桥，将孙良诚伪第二方面军总部直属队全部消灭，毙伤敌伪数百名，俘虏其参谋长甄纪印以下官兵3200余名，巩固了反“扫荡”成果，扩大了抗日根据地中心区。
至年底，又拔掉敌人大小据点100多个。
在统一党的领导、彻底精兵简政、积极开展对敌斗争的同时，1943年后，冀鲁豫边区党、政、军、民领导机关继续深入贯彻中共中央、中央军委和毛主席的重大决策，采取一系列重大措施，领导根据地军民坚持、恢复和壮大抗日根据地。
一是发动群众开展民主民生运动。
二是开展生产自救，大力恢复农业生产，加强对敌经济斗争，推进根据地经济建设。1943年秋终于战胜灾荒。
三是继续开展整风运动，加强党的思想建设。1945年6月，全区整风运动结束。
四是加强民兵建设和党对民兵的领导。
五是加强日、伪军工作。六是弘扬革命英雄主义，激励民族气节和抗日斗志。
1943年11月至1944年1月，冀鲁豫区党委再次召开高级干部会议，系统总结一年来的成绩和问题，根据中央和北方局指示，确定了1944年工作方针任务，边区进入蓬勃发展新阶段。
1943年11月，中共中央决定成立北方局冀鲁豫分局（亦称平原分局），领导冀鲁豫和冀南两个区党委，任命黄敬任书记。
1944年1月，奉中央军委命令，杨得志率军区第二团及回民支队开赴陕北。
此后，杨勇主持军区工作。经过半年的实践，为进一步加强冀鲁豫和冀南两区工作的统一和合作，由两个区党委一致建议，并经北方局批准，1944年5月11日，冀鲁豫和冀南两个区党委撤销，两区12个地委由冀鲁豫分局直接领导。
设冀鲁豫和冀南两个工作委员会，作为协助分局研究、监督、检查两地工作的专门机构。
同月，晋冀鲁豫边区政府决定，撤销冀南、冀鲁豫两个行政公署，合并成立晋冀鲁豫边区政府冀鲁豫行政公署。
6月，冀南和冀鲁豫两个军区合并，仍称冀鲁豫军区，隶属于“集总”，原冀南区党委书记、冀南军区政治委员宋任穷任司令员，黄敬兼任政治委员，杨勇、王宏坤任副司令员，苏振华任副政治委员，华卓然任参谋长。
6月，冀南、冀鲁豫两行署通令实行合署办公，对外一律改用晋冀鲁豫边区政府冀鲁豫、冀南联合行政公署名义，由冀南行署主任孟夫唐、冀鲁豫行署主任晁哲甫联合下达合署办公的文件。
7月，因黄敬去延安治病，中央决定，冀鲁豫分局书记由组织部长宋任穷代理，并兼任冀鲁豫军区政治委员。
合并后的冀鲁豫抗日根据地很快发展成为敌后最大抗日根据地。
1945年5月，晋冀鲁豫边区政府冀鲁豫行署宣布冀南与冀鲁豫两行署正式合并，称晋冀鲁豫边区政府冀鲁豫行政公署，主任孟夫唐，副主任徐达本、贾心斋。
7月，成立冀鲁豫行署冀南办事处。
8月20日，中共中央决定成立晋冀鲁豫中央局后，冀鲁豫分局于10月撤销，恢复冀南和冀鲁豫两个区党委。
11月，冀南办事处撤销，恢复建立冀南、冀鲁豫两行署。
在冀鲁豫分局直接领导下，冀鲁豫边区军民相继发起1944年春夏季和冬季攻势，展开了对日、伪军的局部反攻。
但由于敌强我弱的态势还没有根本性改变，这些局部反攻是以集中适当兵力作战与分散的群众性游击战争相结合、军事攻势与政治攻势相结合进行的。
1944年，边区军民的攻势作战取得重大战果，共攻克据点碉堡1000余个，毙、伤、俘日伪军49000余人，争取5000余名伪军反正，解放人口500余万，新收复清丰、内黄、朝城、莘县、寿张、邱县、濮阳等7座县城。
如此，边区一些小块游击区扩展为大块根据地，解放区较上年扩大一倍以上，除水东地区外，抗日根据地已基本连成一片。
全区正规军与地方武装由年初的5万人发展到9.2万人，民兵发展到10万人以上，战斗力大大提高。
1945年春，冀鲁豫边区军民按照集中优势兵力，向敌人守备薄弱的地方发起反击，着重消灭伪军，相机夺取日、伪军合守或日军单独守备的据点或县城的作战指导思想，积极围困深入根据地内的、比较孤立的敌人据点和县城，将敌人压缩到最狭窄地区各“点”、“线”上，发起了更大规模的攻势。
4月24日，发起南乐战役，5月17日，发起东平战役。至5月底，共进行战斗603次，摧毁日、伪军据点、碉堡241个，收复大名、南乐、新河、南宫、东平5座县城，收复村庄5000多个，解放人口250余万。
1945年3月，北方局代理书记邓小平率北方局机关来到冀鲁豫边区指导工作。
6月6日，邓小平出席冀鲁豫分局群众工作会议并作重要讲话，要求全区仍以发动群众为中心，务求把减租减息政策贯彻到底。
按照邓小平指示，冀鲁豫边区把大胆放手发动群众与正确执行党的政策统一起来，民主民生运动健康顺利地开展。发动起来的广大农民群众以高涨热情投入到参军、支前和发展生产等工作之中。
为适应对日反攻作战的需要，6月，冀鲁豫军区决定建立冀南、豫东两个作战指挥部。
根据中共中央“削弱日伪，发展我军，缩小敌占区，扩大解放区”的方针，6月20日至8月7日，冀鲁豫军区集中优势兵力，向日、伪军发起大规模夏季攻势作战。
先后进行了成（安）临（漳）安（阳）战役、阳谷战役和一些攻城战斗，消灭了大批日、伪军，打通了许多解放区的联系，同时对敌占城市和交通要道的包围越来越紧，取得了作战中的主动地位！
并开始由游击战向运动战转变。解放区党政军民深入开展民主民生、整风、大生产、练兵运动，进一步健全抗日民主政权，大力发展文化教育事业，为实施攻势作战和大反攻提供了保障。
冀鲁豫解放区还抽调大批部队和干部，准备向东北进军。
根据毛主席、朱德总司令和一二九师首长命令，8月中旬，冀鲁豫边区军民展开对日全面反攻作战。
15日，冀鲁豫军区组成南、中、北三路反攻大军，向开封、新乡、安阳等地出击。
其他军分区组织地方武装和民兵，围攻根据地腹地城镇残存的日、伪军据点，配合三路大军作战。
在全面反攻第一阶段，8月14日至24日，冀鲁豫边区军民切断了陇海、汴新、德石铁路，对开封、安阳、新乡之敌形成包围之势，共歼灭日、伪军8600余人，攻克大小据点数十处、县城18座。
根据新成立的晋冀鲁豫军区命令，26日，冀鲁豫军区全面反攻进入第二阶段，重点夺取中小城市，控制广大农村。
到9月底，共收复二十几座县城。至此，除兖州、济宁、嘉祥、巨野、郓城、菏泽、东明、聊城、博平等8座县城尚被日、伪军盘踞外，东起津浦路，西至平汉路，北至德石路，南与水东地区相接，75县纵横千里的广大地区已被抗日军民控制。
全区地方武装和主力兵团增加到10万多人。
8月12日，日本宣布无条件投降，9月2日，签署投降书，抗日战争以日本侵略者的彻底失败、中国人民的完全胜利而告结束，第二次世界大战也胜利结束。
抗日战争的胜利，是中国人民一百多年来在反对外国侵略者的斗争中第一次取得完全胜利的民族解放战争。
在八年抗战中，冀鲁豫边区军民作出了巨大牺牲。据不完全统计，日、伪军共杀害冀鲁豫边区军民16.9万人，毁坏房屋28万多间，抢走牲口29.1万头、粮食89亿斤、财物折粮45亿斤。
不包括冀南，全区被敌人杀伤、拷打致残113万人，损失物资折合法币约45028亿元、折合小米约450亿斤以上。全区被敌人杀死、敌特暗害、敌人制造的灾害致病而死、流亡失踪、被抓壮丁长期未回者，共133万人。
同时，冀鲁豫边区军民牵制和消耗了日、伪军数万兵力，粉碎了其上百次“扫荡”，打退了国民党顽军无数次进攻，创造了平原游击战争经验，为抗日战争的胜利作出了重大贡献。