鲁西、冀鲁豫边两区合并后，区党委召开了全区高级干部会议。
会议中，初步检查了存在于主力部队中的忽视根据地建设，不注意培养、扶植地方武装，不善于运用斗争策略的问题。
明确认识到边区的形势正在向着更加严峻的形势发展；一致认为必须坚持冀鲁豫边平原抗日根据地，而且只要紧紧依靠广大人民群众，克服缺点错误，改进斗争策略，也是能够坚持的。
会议决定，加强军区工作，单独建立军区工作系统，专负地方武装、人民武装的组织领导责任，立即着手整顿地方武装。
主力部队摆脱顽军钳制，推向边沿区展开反封锁、反“蚕食”斗争，力争军事斗争的主动权。
1941年7月至10月开展的边沿区反封锁、反“蚕食”斗争，有力地打击了日伪军，迟滞了敌人的“蚕食”和分割，使边区局势一度有所缓和。
但因敌人实行重兵封锁、“蚕食”，局势又很快恶化起来。
正当边区军民苦战之际，顽军孙良诚、高树勋部先后向边区的巨南、范观中心区进犯，军民不得不进行反击。
1942年春，在日军的逼迫之下，孙良诚率2.5万余人通电降日；高树勋率部退至陇海铁路以南，边区周围已没有国民党主力部队。
高部在撤退中，边区军民掩护其在根据地内进行休整。
冀鲁豫边区的社会情况比较落后、复杂，会道门较多。许多会道门，或在日军的政治引诱、军事压迫下，或在顽固封建势力的操纵下，充分显现出落后性和反动性，它们疯狂地破坏根据地军民的抗日斗争。
边区党组织区别不同情况，分别采取争取、瓦解、打击的办法，并以争取、瓦解为主，以打击为辅，解决反动会道门。
为了适应日趋严峻的客观形势，边区军民一边艰苦进行斗争，一边探索转变组织形式和斗争方式。
1941年底至1942年春，采用组织游击支队的形式开展反“蚕食”斗争。
1942年夏，采用军事政治攻势的方式打击日伪军。
与此同时，对党政军组织进行了两次精兵简政。通过多方面的斗争，对敌斗争形势又有所缓和，但是不久形势又紧张起来。
1942年9月下旬，日军调集重兵对边区的濮范观中心区进行了大规模的“铁壁合围”式的“扫荡”。
10月中旬，日军在“扫荡”中心区后，转而对泰西、运东、直南、豫北进行分区性的轮回“扫荡”和清剿。
12月下旬，日伪军1万多人对10月份划归冀鲁豫边区的湖西根据地进行“拉网”式“扫荡”。
由于敌人的连续“扫荡”和“蚕食”、封锁、分割，冀鲁豫边抗日根据地变成了“格子网”，尤以泰西、湖西为严重。
据1942年底统计（缺湖西），全边区有日伪军据点和碉堡1098个，有日军6300人、伪军6万多人。
此时，根据地中心区被敌包围，大部分地区变为游击区。边区军民就是在这样严峻的局势下艰难地斗争着。
客观形势要求边区党政军领导人必须冷静、全面地分析、认识边区的实际情况，采取切实、有效的措施，扭转严峻的斗争局势。
在冀鲁豫边抗日根据地进入最困难时期的关键时刻，中共中央领导人和北方局先后多次作出重要指示。
1942年6月30日，北方局发出《对目前冀鲁豫工作的指示》，指出：边区已进入空前艰苦的时期，但根据地仍可坚持；边区过去工作薄弱之处是群众未曾较好地发动，而现在坚持根据地的基本条件就是发动群众、开展群众性游击战争。
9月中旬，中共中央政治局委员、华中局书记刘少奇由山东返回延安途中，听取了冀鲁豫边区党委的工作汇报后指出：
“你们没有被敌人打垮、挤走，保持了华中与华北根据地的联系，是很大的成绩。要巩固抗日根据地，就必须放手发动群众，开展减租减息运动。”
10月20日，北方局再次发出《对冀鲁豫区党委、军区工作指示》，集中阐述了3个问题。
一是对边区形势和过去工作的估计，二是关于巩固抗日根据地的建设工作，三是对日、伪、顽、匪、会道门斗争的原则。
同时决定湖西划归冀鲁豫边区领导，调原冀中区党委书记黄敬任冀鲁豫边区党委书记。
1942年11月至12月，黄敬主持召开了边区高干会议。他根据刘少奇和北方局的指示，结合自己调查研究的认识，作了题为《边区的形势与任务》的报告。
报告认为，边区的特点，是处于接合部，处在日、伪、顽、会、匪的夹击之中；边区工作的问题，是没有下大气力开展民主民生斗争，对基层政权的改造重视不够；边区工作的基本方针，是抓紧目前短暂时机，进行巩固根据地的工作。
同时开展敌占区和接敌区的工作，折散伪、顽、会、匪与日军的联合，尽可能缓和其对我们的关系，保存与积蓄力量，为反攻与建国完成一切应有的准备。
边区工作的中心任务，是发动群众，使群众从关心切身利益的经济斗争上升为政治斗争、武装斗争。
边区工作的又一重要任务，是坚决改造区、村政权，进行初步的财政经济建设；边区军事斗争和武装工作的方针，是开展高度分散的敌后游击战争，实行敌进我进，扭转对敌斗争的被动局面。
边区对日、伪、顽、会道门、土匪斗争的策略，是从坚持长期战争的方针和抗日民族统一战线的立场这两点出发，拆散他们的联合。
黄敬提出的扭转边区困难局势的一系列正确方针和策略，获得了与会者的一致赞成，从而统一和提高了边区党的思想认识水平。
这次边区高干会议，标志着党组织的指导思想的重大转变。这一转变，是对建设边区平原抗日根据地规律认识深化的结果，是理论与实际相结合的产物，是根据地建设思想的一次质的飞跃。
没有过去5年斗争的实践，不可能有这次转变。没有这次转变，不可能巩固以往根据地建设的成果，也不可能胜利开创未来的新局面。
高干会议中，苏振华作了《冀鲁豫区小部队建设问题》的报告，将小部队建设提到敌后抗日战争的战略高度来认识。
高干会议结束时，作出了实现边区党的一元化领导和第三次精兵简政的决定：
（一）实行党的统一领导，撤销各部队中的军政委员会，由区党委、地委、县委书记兼任同级部队的政治委员。
（二）调整区党委、军区、行署领导班子。区党委常务委员由黄敬、张霖之、张玺、苏振华、崔田民、信锡华6人组成，执行委员由段君毅、张承先、刘晏春、杨得志、阎揆要5人组成，黄敬任书记兼宣传部长，张霖之任副书记兼组织部长，刘晏春任民运部长。杨得志任军区司令员，黄敬兼任政治委员，杨勇任副司令员，苏振华任副政治委员，华卓然任参谋长，崔田民任政治部主任。晃哲甫任行署主任，徐达本、贾心斋任副主任。
（三）加强地委一级的领导。调张玺任直南豫北地委书记，段君毅任运西地委书记，张承先任鲁西南地委书记。
（四）实行正规军地方化，取消旅的番号，统一于军区建制。
（五）彻底实行精兵简政。上述决定的实施，较好地适应了根据地被敌严重分割、日益缩小的形势和开展广泛的游击战争的需要，有力地保证了高干会议确定的一系列正确的方针和策略的实行。
高干会议期间，北方局决定水东（河南省东部）地区划归冀鲁豫边区领导。
高干会议之后，全边区贯彻“敌进我进”方针，坚持和恢复抗日根据地。
这主要是：积极派遣小部队，深入敌占区和接敌区，开展反“蚕食”斗争；主动发起朝（城）南、卫（河）南战役，粉碎大股伪军的“蚕食”进攻；胜利粉碎了日伪军对边区空前绝后的秋季大“扫荡”；奔袭伪军孙良诚总部，粉碎孙部对边区中心区的“蚕食”。
与此同时，加强了民兵、自卫队建设，广泛开展群众性游击战争；大力开展日伪军工作。
高干会议之后，区党委紧紧抓住开展民主民生运动，深入发动群众这一中心工作。
首先在运西中心区的范县、濮县进行试点，继之在全边区推开，从而形成了一个以减租减息、增资增佃、反贪污、查黑地、改造区村政权的群众运动。
高干会议之后，区党委、行署开展了与对敌斗争、发动群众同等重要的生产自救和财政经济建设工作。
进入1941年，边区经过4个年头的战争，物质基础受到了极大的削弱，加之持续出现的干旱，造成了严重的灾荒。
为了生存，为了抗战，全边区开展了以生产自救为基本方针的救灾运动。
与此同时，发展公私贸易，开展对敌、对顽的贸易和货币斗争，整理财政经济，增加收入，节约开支。
经过1年的战斗和工作，边区党委于1943年11月至翌年1月再次召开了高干会议。
会议系统地总结了1943年的对敌斗争和根据地建设的成绩及问题。
会议认为，军事斗争总的方面是成功的，全年共攻占日伪军碉堡、据点529处，比1942年增加427％，比1941年增加814％；扩大根据地和游击区4000多个村庄（不包括鲁西北）；结合军事斗争开展的对日伪工作和建立两面政权工作都取得了很大成绩，但广泛开展分散性、地方性、群众性游击战争不够。
会议认为，发动群众工作取得了很大成绩，调动了广大基本群众的抗日、生产积极性，同时，巩固、扩大了群众团体，巩固、发展了党的组织，锻炼、培养了干部，为敌后游击战争的开展和抗日根据地的巩固提供了巨大的人力和物力资源，但对实际情况认识不足，存在着包办代替的问题。
会议总地认为，1943年，是转折的一年，胜利的一年，抗日根据地巩固、恢复、部分地区有所发展的一年。
会议根据中共中央制定的十大政策和北方局确定的1944年工作方针，提出了今后的4大任务：
（一）展开全面对敌斗争；（二）开展大规模生产运动；（三）继续发动、深入开展群众运动，把群众普遍地充分地发动想来；（四）进行深入的整风运动。
值得指出的是，历史学家认为，边区部队于1943年夏季发起的朝南、卫南战役的胜利，同山东抗日根据地部队胜利进行的清河区反“蚕食”、夺取诸日莒和沂鲁山区战役，太行、冀南抗日根据地部队胜利进行的林南战役，共同揭开了敌后抗日根据地战略进攻的序幕。
在冀鲁豫边区高干会议举行期间，中共中央决定成立冀鲁豫分局（又称平原分局），统一领导冀南、冀鲁豫边两区的工作。
黄敬、宋任穷、李菁玉、苏振华、杨勇、华卓然为委员，黄敬任书记，宋任穷任组织部长，李菁玉任宣传部长，张霖之任民运部长兼组织部副部长，张玺任秘书长，分局直属北方局领导。
这时，冀南区同冀豫边区相比，敌情要严重得多。中央鉴于这种南缓北紧的形势，为了统一和增强对敌斗争力量，而作出这一决定。
1944年5月，两区党委为了进一步实现统一，一致建议并经中共中央北方局批准，撤销两个区党委机构，由冀鲁豫分局直接领导各地委，这样两区实现了合并。
合并后成立了新的冀鲁豫军区，直属八路军总部领导，宋任穷任司令员，王宏坤、杨勇任副司令员，黄敬兼任政治委员，苏振华任副政治委员。
两区行署于6月实现了合署办公，联合下达法令和指示。在近1年后的1945年5月，两区行署才合并为冀鲁豫行署，孟夫唐当选为主任，徐达本、贾心斋当选为副主任。
行署直属晋冀鲁豫边区政府领导。
两区合并后，所属地委、军分区、专署的序列作了相应调整。
原冀鲁豫边第一地委仍称第一地委；原冀南第一地委撤销，第2、3、4、5、6、7地委称冀鲁豫第2、3、4、5、6、7地委；原冀鲁豫边第2、4、5、6地委改称第8、9、10、11地委；原冀鲁豫边水东地委改称第12地委。
原冀鲁豫边第3地委早在1943年7月就划归冀南，称冀南第7地委。军分区和专署的序列同地委相同。
1945年5月，冀鲁豫分局、军区、行署又增加了第13个单位--水西地委、军分区、专署。
此时的冀鲁豫平原抗日根据地，北起德石铁路，南跨陇海铁路；东起津浦铁路，西越平汉铁路，是名符其实的敌后最大抗日根据地。
中共中央冀鲁豫分局成立后，根据中央的十大政策、北方局的1944年工作方针和原冀鲁豫边区高干会议提出的4大任务，展开了工作。
在军事斗争方面，抓紧有利时机，开展局部反攻，扩大抗日根据地。
1944年，连续对敌展开了春、夏、冬季攻势作战，并反击了顽军的猖狂进攻。
1945年，又对敌展开了春、夏季攻势作战，进行了著名的南乐战役、东平战役、阳谷战役，以及鲁西南讨顽战役。
这期间，加强了城市和交通要道的工作。一年半多的局部反攻，扩大了抗日根据地，缩小了敌占区，为争取抗日战争的最后胜利打下了坚实的基础。
在发动群众、全面深入开展民主民生运动方面，贯彻大胆放手、以党的政策教育群众的方针，使运动如火如荼地开展起来。
在运动中，全边区下辖的12个地区中出现了两个热点地区，一个是运西地区，当时段君毅任书记、万里任副书记；一个是直南豫北地区，当时张国华任书记、赵紫阳任副书记。
万里和赵紫阳具体负责民主民生运动，成为全边区民主民生运动的能手。
1945年春，北方局代理书记邓小平根据中央指示，来到冀鲁豫根据地指导民主民生运动。他经过调查研究后，于6月6日在分局群众工作会议上作了重要讲话。
讲话肯定了运动的主要成绩，纠正了偏向，摆正了航向，保证了运动的健康发展。民主民生运动全面、深入的开展，使农村基本群众在经济上改善了生活，在政治上获得了民主和权利；使抗日的人力、物力、财力大大增强，根据地各项建设事业蒸蒸日上。
在发展生产方面，广泛开展以农业为中心的大生产运动，同时发展军工生产。与此同时，文化教育事业也蓬勃发展起来。
随着冀鲁豫抗日根据地的日益巩固，“三三制”抗日民主政权的建立和健全也加快了步伐。可以说，根据地的社会性质已由半殖民地半封建变为新民主主义的了。
冀鲁豫抗日根据地党组织于1942年开始的整风运动，从1944年进入了深入阶段。
运动的发展是健康的，主要呈现出4个特点：一是联系实际学习马克思主义、毛泽东思想；二是用马克思主义、毛泽东思想的立场、观点、方法检查工作、解剖自己；三是促进了根据地的巩固和发展；四是学会了正确掌握批评和自我批评的方法，达到了治病救人、团结同志的目的。
1945年8月15日，当日本天皇宣布无条件投降时，冀鲁豫军区组成的南、中、北三路反攻大军，立即向中原大地上的日伪军展开了全面反攻，到9月底，控制了75座县城。
鲁西·冀鲁豫边抗日根据地军民，在八年抗日战争中，建立了一个拥有2000多万人口的平原抗日根据地，创建了一支拥有10万多人的人民军队，造就了一支具有强大战斗力的中共党员队伍，这一切，为建立新民主主义的中国奠定了厚重的基础。