11月底，刘少奇来到皖东后，多次强调必须贯彻独立自主的方针，放手发动群众，猛烈扩充军队，迅速建立抗日根据地和民主政权。
他要求在积极打击日伪军的同时，做好反击顽固派进攻的准备，树立敢于反“磨擦”的思想。
根据少奇同志的指示精神，第五支队在江北指挥部的领导下，一方面迅速抽调大批干部，采取多种办法，在路东各地进行扩军工作；另一方面同敌伪顽军进行坚决的斗争。
从1939年12月到翌年2月，第五支队共组织起七个游击大队，十三个游击中队。这些游击队经过短期训练和战斗锻炼，大都编入了主力部队。
短短三个月，全支队由原来的二千多人发展到五千多人。
1940年1月，八团与江南指挥部所属的苏皖支队在六合县竹沟会师。两支部队并肩作战，在秦栏镇连续击退由六合、天长进犯的伪军，歼其两个中队。
在天长、六合交界处的横山反击日伪军的合击，毙伤日军100余人，伪军200余人，俘虏日军2人。
我军对日伪军作战的胜利，振奋了路东各县群众的抗日情绪，扩大了我党我军的影啊。
正当我军积极打击日伪军时，国民党韩德勤部则不断向我挑衅，牵制我与敌作战的兵力。
占据盱眙的秦庆霖部，不仅无理限制、阻挠我军活动，甚至在旧县杀害我政工干部王勇鸣。在津里釆取突然袭击的卑鄙手段，缴我十团一个班的枪。
十团被迫进行还击。在大头王一地歼其一部后，占领涧溪镇，并将增援的秦鹏云团包围在涧溪镇之马头山。
秦庆霖见势不妙，不得不派代表与我谈判，交还我枪支，同意以河梢桥为界，桥西是我们的辖区，桥东是他们的辖区。新四军也本着“有理，有利，有节”的原则，撤出战斗。
在此期间，六合、天长等县的国民党地方武装也不断袭击我十五团。十五团忍无可忍，在自卫反击中歼灭六合常备团一部。
我军的胜利，在群众中引起强烈的反响。他们一面为胜利而欢欣鼓舞，一面积极送儿、送郎参军，进一步推动了扩军工作。
为了进一步扩大抗日武装，加强部队思想建设，做好反磨擦.的准备，五支队于1940年2月7日至16日，在半塔集召开了政治工作会议。
会上，江北指挥部政治部主任邓子恢传达了中原局和刘少奇关于坚决反“磨擦”的指示。并就革命人生观问题作了报告。这次会议对于粉碎国民党顽固派的大规模进攻起了重大作用。
3月初，桂顽一三八师一团和十，十二游击队等部向我路西根据地发动进攻。
4日，四支队开始反击。进攻大桥的顽十二游击纵队大部被歼。我毙伤俘顽支队副司令商业勤以下一千余名。增援路西的五支队主力和苏皖支队，在罗炳辉、陶勇司令的指挥下，也于7日在滁县施家集全歼滁县顽保安团近千名。
此役计缴获机枪19挺，步枪900余支，军用物资无数。并在管家坝击溃顽军一个营。
接着，五支队同四支队7团相配合，在八斗岭击溃顽军一三八师一部。
韩顽为配合桂顽的进攻，消灭我留在路东的部队，以其主力一一七师、独立第六旅和常备十旅、秦庆霖常备旅、六合常备团共16个团的兵力突入我路东地区，于三月二十一日分三路进攻半塔集。
当时路东只有五支队十团两个营，十五团一个营和支队教导大队、特务营以及新编的游击大队共2400余人，其中有半数未参加过战斗。
面对数倍于己的顽军，全体指战员毫无畏惧。他们在邓子恢、郭述申的指挥下，坚决执行中原局、江北指挥部固守待援积极防御的指示，以顽强的战斗，顶住了顽军的疯狂进攻。
半塔集的教导大队与外围的部队密切配合，坚守半塔集七昼夜，击退顽军十余次猛攻。
我江南指挥部所属挺进纵队副司令叶飞奉陈毅电令，率四个营星夜驰援路东，于27日进到汊涧地区，对进攻半塔集敌人的侧后造成严重威胁。
我在路西作战的五支队主力、苏皖支队以及四支队七团，在取得反顽斗争胜利后，在张云逸、罗炳辉的率领下，兼程东进，于27日进到半塔集西南张山集一带，从而对顽军造成夹击之势。
由于战场形势发生有利于我，不利于顽的变化，韩顽部队即于29日由进攻转为撤退。我军奋勇追击，直抵三河岸边。
顽军仓惶逃往三河以北，形成隔河对峙之态势。
路东的反顽斗争，历时十天，共歼韩顽三千余人，路东的顽政权也土崩瓦解。国民党顽固派对我皖东根据地发动的大规模进攻被彻底粉碎了。
路西、路东的反顽作战，是华中我军大规模的反顽自卫战。这次战役的胜利，对建立淮南抗日根据地有决定性的意义。而坚守半塔集又是取得此役胜利的关键！
还有，此次反顽作战，为以少胜多，以弱胜强，固守待援提供了一个很好的战例。
为了便于领导淮南抗日根据地的政权建设，创建华中抗日根据地，4月初，刘少奇即率中原局由津浦路西移至路东半塔集附近的大田郢。江北指挥部也随之移到这里。
刘少奇深入基层，调查研究，发现问题，解决问题。在他的正确领导下，到7月底，初步完成了淮南根据地政权建设的任务，其中包括在12个县建立了抗日民主政权。基本上实现了党中央和中央军委“将皖东全部、江苏一部化为巩固的根据地”的指示。
在此期间，津浦路东的县、区、乡党组织普遍建立，原来的党组织由秘密转为公开。八个县的区、乡政权相继建立，地区性的政权机构路东联防办事处和军事组织联防司令部也组建起来。
联防办事处主任是贺希明（后邓子恢），联防司令是杨梅生，政委陈庆先（后刘顺元）。
联防办事处成立后，制定和颁布了《临时施政纲领草案》，和惩治汉奸、减租减息的条例。作出了“三七分租，二五减租”的“分半给息”、“老债停息还本”和取消国民党的一切苛捐杂税等规定，实行了征收公粮合理负担的新现定。
在路东根据地的建设过程中，五支队抽调了大批干部予以支援。除支队政治部主任方毅调任路东省委书记外，联防司八部和不少县的党政军干部，也是由五支队派去的。
如八团政委陈庆先调去担任联司的政委，来安县的县委书记、嘉山县的县长和军事科长，盱眙县的县长和县总队副及政治处主任，都是五支队派出的。
为了加强地方武装建设，还以五支队的十五团、特务营和江北指挥部一个连为骨干，组建了路东第一二三四独立团；十团扩充的游击队也分别调给盱眙、嘉山组建警卫部队。
由于有了根据地，军队的兵员补充和物资来源也即有了可靠的保障。从而为坚持敌后抗战创造了良好的条件。
反“扫荡”反暴乱，淮南抗日根据地的建立，被日伪顽视为心腹之患，他们默契配合，互相利用，千方百计地要将她扼杀在“摇篮”之中。
1940年5月，日军调集重兵，对我淮南地区进行疯狂扫荡。中旬，在路西，奔袭藕塘镇，占我定远城。
在路东，日军一部由明光出动，占我津里，侵入盱眙，嘉山地区。另一部千余人，由滁县、沙河集出动，于27日再占来安城，企图围攻我军，抢走民粮。
五支队八团和十团一营，在罗炳辉司令指挥下，首先反击来安之敌。
28日3时，我军突然发起三路进攻，把日伪军打得晕头转向，不敢出战，凭坚据守。
我遂采用火攻，一时浓烟冲天烟尘滚滚，遮天蔽日。叫喊声，喊杀声震动全城。许多敌人不是葬身大火之中，就是死于枪弹之下。
拂晓，敌从滁县开来18辆汽车的援兵，在百石山遭我军顽强阻击，退回滁县。来安之敌也弃城逃走。
这次战斗，共歼敌“数百名”，这就是著名的新四军“来安火烧阵”。
五支队在来安取得胜利后，又引兵向西对津浦线上的乌衣、担子街、滁县城、沙河集、张八岭、嘉山集据点及附近的铁路进行破袭战，配合路西兄弟部队反“扫荡”。
然而，我军刚刚取得对日反“扫荡”的胜利，桂顽又在路西燃起了战火。
6月中旬，顽军一三八师和第十游击纵队等部，进入全椒古城集、青龙厂等地。
我军为了团结抗战，呼吁桂顽顾全大局，停止进攻。
但桂顽一意孤行，继续向我进逼，我军被迫进行自卫还击。
6月下旬，四支队在古城集向顽军开战，我五支队八团和十团一营配合四支队，在拦杆集、鸡鸣桥重创顽军。
这次战斗，共歼顽军1000余人，其余顽军败回八斗岭一带。桂顽再一次同意以淮南铁路桥为界，分区抗日。
在这次反磨擦斗争中，八团政委刘树藩不幸牺牲。
我军在路东和路西分别进行了反“扫荡”反磨擦斗争之际，路东的反动地主即在韩顽、桂顽的策动下，网罗一批地痞、流氓，积极发动反革命武装暴乱。
7月初，来安屯仓反动地主余安邦，首先打出罪恶的黑旗，残酷杀害抗日民主政府牛默然区长等20余名。接着，盱眙地区的暴乱分子，先后杀害了开明人士肖石臣和嘉山县保安分处主任（公安局长）。
嘉山县戴港反动头子罗秀文武装包围游击队，杀害大郢乡乡长丁臣坦。
汉奸地主候之坦煽动暴乱分子杀害乡党总支书记李键。
还有很多很多……
对于这次反动暴乱，刘少奇及时指出，我们取得胜利后，敌人一定会进行反扑。反动地主暴乱，就是这种反扑的表现。只有彻底消灭这种叛乱，根据地才能保持稳固。
第五支队根据中原局、江北指挥部的指示，专门抽出力量来平定叛乱。
十团首先击溃配合叛乱的韩顽两个团，歼灭侵入金沟的顽军七八百人。接着攻下黎城下的上庄园子，消灭季兴桥叛乱分子一百余人。活提一批叛乱头目和骨干分子。
政府对受害干部和群众进行了抚恤和救济，对参加叛乱的胁从分子和悔过自新的头目予以宽大处理。抗日根据地得到了巩固和发展。
开辟淮宝地区，配合兄弟部队作战，第五支队因淮（阴）宝（应）地区，地处洪泽湖与高邮湖之间，是联系淮南、淮北、苏北、苏中地区的枢纽，战略地位很重要。
半塔保卫战后，退守三河以北淮宝地区的韩顽部队，亡我之心不死，与桂顽东西呼应，经常派遣小股武装，潜入我路东根据地，杀害我干部和群众积极分子，严重影响我抗日军民的安全。
为了保卫淮南抗日根据地，策应我江南部队向北、八路军南下部队向东发展，创建苏北抗日根据地，中原局决定五支队和四支部七团，八路军第五纵队六八七团，协同开辟淮宝地区。
根据江北指挥部的命令，由罗炳辉、周骏鸣、张劲夫、冯文化组成的淮宝战役指挥都，率第五支队八团、十团，和四支队七团，于1940年8月2日向淮宝地区推进。
当夜，以八团、十团组成的第一梯队强渡三河，突破韩顽三十三师的防线，迅速占领三河北面的高集，并前进到“新集”
顽军一面退守仁和集、岔河等地，一面驱使当地的刀会武装和受骗的群众，包围、袭扰、攻击我第一梯队。
我在被迫还击的同时，展开政治攻势，宣传我党、我军的抗日主张和政策，揭露韩顽造谣诬蔑，利用他们以我为敌的罪恶行经。
6日，第二梯队（七团）进抵新集，八路军第五纵队六八七团亦进至淮宝地区，并在蒋坝歼灭秦庆霖一部。
至此，四个团遂由南向北推进，迫使顽军节节败退。
14日，顽军又驱使反动刀会武装向我进至赵集、南甸镇一线的部队攻击。并派三十三师的部队掩护。在我猛烈地还击下，掩护刀会武装的顽军率先逃跑，刀会武装也纷纷溃退。
我对被俘的刀会重要成员以礼相待、晓以大义后予以释放，此举化解了新四军与刀会武装的恩仇。
8月15日，我军对据守双沟、仁和集、岔河镇的顽军三十三师两个团发起总攻，经过激战，顽军大部被歼，残部仓惶逃往运河东岸，开辟淮宝地区的战役胜利结束。
8月底，淮宝办事处（县级）成立，李斌任主任。在十团的配合下，办事处迅速展开淮宝地区抗日根据地的工作。
淮宝战役的胜利，打疼了顽军，震撼了日伪。
8月下旬，日军即由南京、高邮和津浦路沿线出动十五、十七师团及伪军一部共17000余人，先占领我来安、盱眙县城，尔后于9月5日在20多架飞机配合下，分7路向我路东根据地分进合击，开始了“九月大扫荡”。
根据江北指挥部的部署，开辟淮宝的部队，除留十团保卫淮宝新区外，七、八团均返回路东，会同兄弟部队参加反“扫荡”战斗。
9月11日，八团南渡三河，在渡河中，同由高邮出发的汽艇遭遇。
该敌被我毙伤一部分后退回高邮。我伤亡百余人。
12日，日军在飞机掩护下，从毛堆拐登陆，“扫荡”淮宝地区，被我八团毙份数十人。渡过三河的八团一营袭击了盱眙城的敌人。
七团在盱眙附近的龙王山，积极打击和牵制敌人配合坚持路东斗争的兄弟部队，直至夺取反扫荡胜制。
10月初，韩顽按照蒋介石的反动命令，调待三万人马，进攻我苏中黄桥，发动了抗战开始以来华中最大的一次磨擦。
为了配合我苏中部队作战，第五支队根据江北指挥部的命令，派十团和支队所属的独一、独二团开赴苏中参战。部队赶到运河西岸时，黄桥决战己结束。独一、独二团停止行动。
10月中旬，蒋介石掀起第二次反共高潮，桂顽和韩顽向我华中地区发动进攻，桂顽无理要求我江北部队撤出皖东，交出全部政权。并调集一三八师六个团的兵力，强占路西根据地南部地区。
11月，第五支队派八团驰援路西，并留在路西坚持斗争，直到1942年归建。
苏北的韩顽，要我苏北部队恢复黄桥决战前的状态，并派重兵攻占风谷村、益林等地。
为配合我苏中、苏北部队反击韩顽，十团奉命东渡运河，牵制韩顽。他们在车桥以西的平桥、泾河一带歼敌一部；在运河上阻击日军，歼敌一部，保障了我反击韩顽的兄弟部队侧翼安全。
1941年1月，发生了震惊中外的“皖南事变”。中共中央军委命令重建新四军军部，将大江南北的部队整遍为7个师，一个独立旅。
2月，第五支队改编为新四军第二师第五旅，旅长成均，政委赵启民，结束了第五支队的历史使命。